Pierwsza znająca metal cywilizacja rozkwitła na Cykladach około 3000 roku p.n.e. Pozostawiła po sobie narzędzia z brązu i niezwykłe figurki - idole - przypominające nowoczesne rzeźby. Przez pięć stuleci, od około 220 roku p.n.e. państwo minojskie, którego główny ośrodek znajdował się na Krecie, było największą potęgą Morza Egejskiego. Minojczycy ściągali daniny od greckich książąt z lądu stałego i kontrolowali osadnictwo na całych Cykladach. W miarę jak słabła potęga Minojczyków, wojowniczy, posługujący się bronią z brązu Mykeńczycy (wzmiankowani w poematach Homera) zaczęli rozszerzać swe wpływy na Kretę i Cyklady. Około 1100 roku p.n.e. wyparli ich Dorowie - pierwszy lud mówiący po grecku i używający żelaza. Wraz ze wzrostem potęgi Macedonii wyspy znalazły się w zasięgu władzy Aleksandra Wielkiego, a później jego następców; między innymi Ptolemeusze, królowie Egiptu wykorzystywali Thirę (zwaną wówczas Terą) jako swoją bazę morską.